口袋妖怪火红叶绿中精灵的获取主要通过野外捕捉、NPC赠送、特殊事件和进化四种主要途径。野外捕捉是最基础的方式，不同区域会出现特定种类的精灵，例如常青森林可遇到绿毛虫和独角虫，月见山则有派拉斯和皮皮等稀有精灵。部分精灵如鲤鱼王可在4号路的宝可梦中心以500元购买，而伊布则需在彩虹市某栋大楼顶层获取。游戏初期从大木研究所选择御三家（妙蛙种子、小火龙或杰尼龟）是固定流程，竞争对手小茂会选用属性克制的精灵。
化石复活是特殊获取方式之一，在月见山深处击败研究员后可从化石盔与菊石兽化石中二选一，之后需前往红莲岛的宝可梦研究所复活。秘传技能如冲浪和怪力分别需在沙狐乐园深处和取得金牙后与特定NPC交换获得，这些技能能解锁新区域从而遇见更多精灵。游戏厅通过兑换游戏币可获得3D龙等特殊精灵，而圣安奴号船上的训练家对战也可能提供稀有精灵线索。紫苑镇宝可梦塔顶层的富士老人事件后获得的宝可梦笛可唤醒卡比兽，这是收服该精灵的必要条件。
三神鸟的获取需要特定条件：急冻鸟位于双子岛深处，需用怪力推动岩石阻挡水流；闪电鸟在无人发电厂最内部；火焰鸟栖息于灯火山顶部。超梦则需在华蓝洞窟最深处捕获，而梦幻需要特殊钥匙才能在小岛房屋中遇见。通信进化类精灵如耿鬼、胡地等需通过联机交换完成进化，这是唯一获取方式。部分NPC会主动提供精灵，如正辉赠送的船票可登船获取秘传机，枯叶市道馆旁NPC会给予初级钓竿用于垂钓鱼类精灵。
精灵进化是扩充图鉴的重要方式，绿毛虫12级进化为巴大蝶，伊布通过水/雷/火之石可进化为三种不同形态。游戏后期完成60种精灵收集后找大木博士可升级全国图鉴，解锁更多可捕获精灵。火红版与叶绿版存在版本独占精灵，如火红版特有风速狗而叶绿版独占宝石海星，这需要通过版本联动才能集齐全图鉴。宝可梦饲养屋可寄存精灵自动获得经验值，但进化相关的精灵需提前取出以免错过进化时机。
游戏中的隐藏道具如金珠、进化石等往往位于特殊地形或需要秘传技能解锁的区域，这些道具对培育特定精灵至关重要。浅红市原野区需支付500元进入但步数限制600步，这里栖息着袋龙等稀有精灵。完成主线剧情后，七岛区域会开放更多特殊精灵捕获点，如代欧奇希斯需要事件触发。通过合理规划捕获顺序和路线，结合版本差异与通信功能，理论上可在单周目内收集超过150种精灵，为挑战精灵联盟打下坚实基础。
