对抗卡利斯托主要有几种核心思路，包括利用高速空中单位进行快速打击，部署具备高闪避或特定干扰能力的舰船，在舰队中编入拦截舰，以及通过强化前排护甲来吸收伤害。这些方法的核心目的都是破坏卡利斯托作为后排火力核心的输出环境，要么在其发力前将其压制，要么使其攻击无法有效命中或造成伤害。
最直接有效的方法是以攻代守，组建高速空袭编队。卡利斯托作为后排巡洋舰，自身生存能力并不突出，非常惧怕被切入后排。可以派遣维塔斯B型战机或蜂巢护航艇这类空中单位，它们能绕过敌方前排防线，直接锁定并快速摧毁位于后排的卡利斯托。执行此战术时，需要确保己方有能力瘫痪或削弱敌方的防空网络，为这些空中单位创造安全的突进通道。
另一种思路是利用闪避机制或电子干扰来规避卡利斯托的主要伤害。艾奥级巡洋舰本身具备较高的闪避属性，配合装甲涂层等技术，能显著降低被卡利斯托鱼雷命中的概率。更为极致的策略是使用永恒风暴级战列巡洋舰的电子干扰模块，该模块理论上可以实现对鱼雷的完全免疫，从而完美克制以鱼雷为主要武器的卡利斯托型号，不过该模块的获取难度相对较高。
在舰队中部署专职拦截的舰船也是一种常规对抗手段。部分护卫舰和驱逐舰自带拦截系统，例如澄海级护卫舰，可以在一定程度上拦截卡利斯托发射的鱼雷。但需这类常规拦截舰船的拦截率并非百分之百，且大量编入会挤占舰队人口，影响己方的整体输出效率，因此通常作为辅助防御手段而非主要依赖。
对于资源有限或阵容固定的玩家，强化防御是更稳妥的选择。卡利斯托的鱼雷伤害虽高，但属于实弹伤害，可以通过给前排承伤舰船堆叠高额护甲来有效缓解压力。将前排坦克型舰船的护甲值提升到较高水平，能大幅削减每次鱼雷命中造成的实际伤害，从而为己方舰队争取更多的输出时间。
